De oester leeft vastgegroeid aan een hard substraat in helder, rustig zout water en komt vooral voor vanaf het lagere littoraal tot ongeveer 60 meter waterdiepte. De soort handhaaft zich echter ook op grotere diepten tot enkele honderden meters waterdiepte. De vastgegroeide immobiele levenswijze maakt dat de oester tot de epifauna behoort. Als hard substraat kunnen ook andere, reeds gevestigde oesters dienst doen. Hierdoor kunnen uiteindelijk grote hoeveelheden oesters dicht bij elkaar leven, ook als er weinig ander vast substraat is. Dergelijke concentraties hebben rifbouwende eigenschappen en worden oesterbanken genoemd. In een omgeving met uit los sediment bestaande zeebodem bieden oesterbanken veel organismen die vast substraat nodig hebben toch een plek om zich te handhaven. Oesterbanken kennen vaak een hoge biodiversiteit die qua samenstelling bovendien afwijkt van de onmiddellijke omgeving. Door de betrekkelijk dikke schelp van de oester vormen zij ook een geschikt substraat voor borende organismen. Tot de levensgemeenschap van oesterbanken behoren o.a. gecementeerd vastzittende andere mollusken, zoals de Paardenzadel (Anomia ephippium), de Schilferige dekschelp (Heteranomia squamula), en Zeepokken zoals b.v. (Verruca stroemia); borende organismen: Boorsponzen (o.a. Cliona celata), een borende Borstelworm Polydora ciliata, een aantal tweekleppigen zoals de Rotsboorder, de Steenboorder, en dieren die gebruikmaken van holtes en gaten gemaakt door borende organismen, zoals bv. het Holteschelpje (Kellia suborbicularis).

Randzeeën van de Atlantische Oceaan van Noorwegen tot Noord-Afrika. Ook in de Middellandse Zee.

Natuurlijke populaties van de oester zijn door overbevissing vrijwel verdwenen uit de Noordzee. De Japanse oester is wel ruim aan te treffen in het Nederlandse deel van de Waddenzee.
Losse, meestal blauwgrijs verkleurde kleppen zijn vooral na storm te vinden in de vloedlijn. Dit zijn bijna zeker voor het grootste deel fossiele exemplaren uit het Holoceen en het Eemien. In Zeeland zijn losse kleppen algemener dan elders aan de kusten van Nederland.